Laureaci konkursów

Laureaci Konkursu Na Najlepszą Pracę Doktorską z Bioinformatyki

 

  • 2020: XI Edycja

Nagroda główna

Aleksandra Jarmolińska "Algorithms and Models for Protein Structure Analysis" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotorzy: Anna Gambin, Joanna Sułkowska)

Wyróżnienia

Aleksandra Badaczewska-Dawid "Modelowanie struktury i dynamiki białek z użyciem modeli gruboziarnistych o różnej skali rozdzielczości" (Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Dominik Gront)

Anna Papież "Integrative Data Analysis Methods in Multi-omics Molecular Biology Studies for Disease of Affluence Biomarker Research" (Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej; promotor: Joanna Polańska)

 

  • 2019: X Edycja

Nagroda główna

Mateusz Łącki "Computational and Statistical Methods for Mass Spectrometry Data Analysis" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin, promotor pomocniczy:  Błażej Miasojedow)

Wyróżnienia

Piotr Klukowski "Machine learning approaches for protein structure elucidation with NMR spectroscopy" (Wydział Informatyki i Zarządzania Politechniki Wrocławskiej; promotor: Jerzy Świątek, promotor pom: Adam Gonczarek)

Jarosław Paszek "Inferring genomic duplication events" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu, Warszawskiego; promotor: Paweł Górecki)

Natalia Szóstak "Bioinformatyczne metody modelowania i weryfikacji hipotezy Świata RNA" (Wydział Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Jacek Błażewicz, promotor pom: Szymon Wąsik)

 

  • 2018: IX Edycja

Wojciech Rosikiewicz „Identyfikacja i analiza ekspresji nakładających się genów u człowieka i myszy” (Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Izabela Makałowska)

 

  • 2017: VIII Edycja

Maciej Błaszczyk "Metody teoretyczne przewidywania struktury białek oraz ich kompleksów z peptydami" (Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego; promotorzy: Andrzej Koliński i Sebastian Kmiecik)

 

  • 2016: VII Edycja

Agnieszka Danek "Algorithms for analysis of genomic data in compressed domain" (Wydział Automatyki, Elektroniki I Informatyki Politechniki Śląskiej; promotor: Sebastian Deorowicz)

 

  • 2015: VI Edycja

Joanna Ciomborowska "Funkcjonalne retrogeny w genomie człowieka" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Izabela Makałowska)

 

  • 2014: V Edycja

Anna Philips "Nowe metody bioinformatyczne służące do przewidywania miejsc wiązania jonów metali i niskocząsteczkowych ligandów w strukturach RNA" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Janusz M. Bujnicki)

 

  • 2013: IV Edycja

Julia Romanowska "Comparing physical properties of aminoglycoside antibiotics' binding sites in RNA and proteins" (Uniwersytet Warszawski; promotor: Joanna Trylska)

 

  • 2012: III Edycja

Bogusław Kluge "Computational methods and stochastic models in proteomics" (Uniwersytet Warszawski; promotor: Anna Gambin)

 

  • 2011: II Edycja

Agnieszka Rybarczyk "Algorytmiczne aspekty procesu degradacji RNA" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotorzy: Jacek Błażewicz i Marek Figlerowicz)

 

  • 2010: I Edycja

Jan Kosiński "Dissecting molecular basis of dysfunction of protein complexes involved in DNA mismatch repair by characterization of their structure and mutual interactions, and their mechanism of action" (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie; promotor: Janusz M. Bujnicki)

 

 

Laureaci Konkursu Na Najlepszą Pracę Magisterską z Bioinformatyki

 

  • 2020: XII Edycja

Nagroda główna

Paulina Dziadkiewicz "Analiza uliniowień wielu sekwencji genetycznych" (Wydział Matematyki i Nauk Informacyjnych Politechniki Warszawskiej; promotor: Norbert Dojer)

Wyróżnienia

Bartosz Czech "Patterns of DNA variation between the autosomes, the X chromosome and the Y chromosome in Bos taurus genome" (Wydział Biologii i Hodowli Zwierząt Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu; promotorzy: Bernt Guldbrandtsen Joanna Szyda)

Aleksandra Suwalska "Automated detection of cerebral microbleeds on MR images" (Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej; promotor: Joanna Polańska)

 

  • 2019: XI Edycja

Nagroda główna

Katarzyna Kędzierska "Differential mutation analysis across gene sets in cancers (Wydział Chemii Politechniki Warszawskiej; promotor: Aakrosh Ratan)

Wyróżnienia

Dawid Dąbkowski "Minimizing the deep coalescence cost" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Paweł Górecki)

Michał Karlicki "Genomy organellarne mikroorganizmów eukariotycznych w danych metagenomowych" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Karnkowska)

Hanna Kranas "Metoda wykrywania kontaktów dalekiego zasięgu między fragmentami chromatyny" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Bartosz Wilczyński)

 

  • 2018: X Edycja

Nagroda główna

Michał Ciach "Modelowanie reakcji dysocjacji białek w spektrometrii masowej" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin)

Wyróżnienia

Jagoda Jabłońska "Sekwencyjno-strukturalno-funkcjonalna analiza białek należących do nadrodziny His-Me finger" (Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Krzysztof Ginalski)

Grzegorz Skoraczyński "A challenge of automatic classification of organic reactions yield and duration" (Wydział Matematyki, , Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin)

 

  • 2017: IX Edycja

Nagroda główna

Melania Nowicka "Optymalizacja użycia par kodonów w projektowaniu syntetycznych otwartych ramek odczytu" (Wydział Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Marcin Radom)

Wyróżnienia

Anita Dudek "Dokładność metody Poissona-Boltzmanna w obliczeniach energii swobodnej hydratacji białek" (Wydział Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Piotr Setny)

Piotr Żurkowski "DNA de novo assembly algorithm with repetition sensitive graph traversal" (Wydział Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Aleksandra Świercz)

 

  • 2016: VIII Edycja

Nagroda główna

Agata Perlińska "Określenie wpływu nietrywialnej topologii na biologiczne funkcje białek na podstawie analizy białek analogicznych" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Joanna Sułkowska)

Wyróżnienia

Jakub Bartoszewicz "Optymalizacja nakładek oligonukleotydowych w klonowaniu metodą CPEC i obliczeniach molekularnych" (Wydział Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Piotr Formanowicz)

Jakub Nogły "Reconstructing evolutionary history of transposable elements" (Wydział Matematyki Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin)

 

  • 2015: VII Edycja

Nagroda główna

Jakub Rydzewski "Nowe algorytmy modelowania procesu dysocjacji liganda z receptor" (Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu; promotor: Wiesław Nowak)  

Wyróżnienia

Julia Herman-Iżycka "Rozpoznawanie sekwencji regulatorowych w genomach ssaków" (Uniwersytet Warszawski; promotor: Bartosz Wilczyński)

Anita Sokołowska "Analiza skupień miejsc kontaktowych białek ze względu na klasę i topologię białka" (Politechnika Wrocławska; promotor: Małgorzata Kotulska)

 

  • 2014: VI Edycja

Nagroda główna

Anna Górska "Inhibition of bacterial translation by peptide nucleic acid oligomers targeting the ribosomal RNA" (Uniwersytet Warszawski; promotor: Joanna Trylska)

Wyróżnienia

Joanna Giemza "Predykcja funkcjonalnych elementów DNA na podstawie modyfikacji histonów" (Uniwersytet Warszawski; promotor: Bartosz Wilczyński)

Witold Januszewski "MetaMisTher: a machine learning meta-predictor for the influence of missense mutations on thermodynamical protein stability" (Politechnika Warszawska; promotor: Tymon Rubel)

 

  • 2013: V Edycja

Nagroda główna

Błażej Osiński "Przewidywanie miejsc cis-regulatorowych z wykorzystaniem sygnałów epigenetycznych" (Uniwersytet Warszawski; promotor pracy: Jerzy Tiuryn)

Wyróżnienia

Wojciech Rosikiewicz "Analiza sekwencji TSS genów nakładających się na końcach 5' w genomach myszy i człowieka" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Izabela Makałowska)

Marek Szewczyk "Wysoko-przepustowa statystyczna analiza parametrów struktur białkowych" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Jacek Błażewicz)

 

  • 2012: IV Edycja

Nagroda główna

Jerzy Stanisławski "Maszynowe metody predykcji struktur amyloidowych w białkach" (Wydział Elektroniki Politechniki Wrocławskiej; promotor: Olgierd Unold)

Wyróżnienia

Maciej Jasiński "Właściwości strukturalne peptydowych kwasów nukleinowych w roztworze i ich oddziaływania z kwasami rybonukleinowymi" (Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu; promotorzy: Wiesław Nowak i Maciej Długosz)

Tomasz Żok "Molecular structure comparison in torsional angle space" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Marta Szachniuk)

 

  • 2011: III Edycja

Nagroda główna

Wojciech Frohmberg i Michał Kierzynka "Development of sequence alignment methods on Graphics Processing Unit" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Jacek Błażewicz)

Wyróżnienia

Patryk Szulczyk "Porównanie regionów niskiej złożoności w białkach za pomocą ukrytych modeli Markowa" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin)

Michał Lula "Rozproszone środowisko dla biologii systemów" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin)

 

  • 2010: II Edycja

Nagroda główna

Wojciech Mruczkiewicz "Hyper-heuristics for Sequencing by Hybridization Problem" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Jacek Błażewicz)

Wyróżnienia

Paweł Łukasz "Opracowanie programu komputerowego do odtwarzania pełnoatomowej struktury przestrzennej RNA z uproszczonych modeli, z użyciem próbkowania Monte Carlo" (Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego; promotorzy: E. Katarzyna Jagusztyn-Krynicka i Janusz M. Bujnicki)

Andrzej Zieleziński "Identyfikacja i analiza porównawcza molekularnej platformy wiążącej białka z rodziny ARGONAUTE w białkach zawierających domenę RRM u roślin" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Wojciech Karłowski)

 

  • 2009: I Edycja

Nagroda główna

Katarzyna H. Kamińska "Analiza bioinformatyczna enzymów z nadrodziny Radical SAM" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Janusz M. Bujnicki)

Wyróżnienia

Marek Błażewicz "Wyszukiwarka fragmentów RNA - projekt i implementacja" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Marta Szachniuk)

Tomasz Osiński "Klasyfikacja struktur trzeciorzędowych RNA z wykorzystaniem metod nauczania maszynowego" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Janusz M. Bujnicki)